和上网定价发行相比，上网竞价发行对投资者专业知识要求较高，但是普通投资者由于缺乏必要的专业知识，对企业的价值很难作出准确判断，参与竞价的盲目性很大，使申购风险凸现。具体包括包括：
1．无效申购风险。
无论是申购倍率改进法，还是基准价格法，完全竞价法，都存在着一个申购价格区间，而且发行人与主承销商确定的发行价格作为发行的低价。一级市场的投资者确定的申购价格在申购价格区间以上或以下，将被视为无效申购，投资者不能参与申购和配号。只有申购价格在申购区间内的投资者才有可能参与新股申购的配号和抽签，才有可能中签。
2．跌破发行价风险。
上网竞价发行有可能使一级市场申购的中签者遭受损失，特别是完全竞价法更有可能使一级市场的申购者遭受损失。由于完全竞价法是按照申购价格的高低排序确定最后的有效申购者。因此，谁出价最高，谁参与配号，参与抽签的机会越大，中签的概率越大，这样有可能抬高最终的发行价格。而发行价格越高，二级市场的回报率越低，如果二级市场出现回软，发行价格越高的股票上市后跌破发行价格的可能性越大，使一级市场的申购者遭受了较大的损失。
另外，竞价法容易提高持股集中程度，二级市场走势不确定性增大，风险也随之增大。
