上海证券交易所和深圳证券交易所所采用的登记结算体系不同。上交所是“集中清算集中登记”模式；深交所是“集中清算、分散登记”模式。深圳证券交易所的清算可以分为二级：一级清算是在深圳登记公司和各地的证券商之间进行，期间需要各地登记机构作为中介；二级清算是在各证券商和委托其买卖的投资者之间进行。而上海证券交易所则采用三级清算方式：一级清算是指由异地的资金集中清算中心与上海证券中央登记结算公司所进行的地区净额清算；二级清算是由各证券商同异地资金集中清算中心在当地进行净额清算；三级清算是指投资者与证券商之间进行的资金清算。由于采用的市场模式不同，两个证券交易所的清算业务在具体办理过程中就有些不一样。
对投资者而言，在上海证券交易所和深圳证券交易所，其与证券商办理清算交割的手续是一样的，具体程序是，证券营业部在委托成交后的第二个交易日（通俗称为T+1）将成交情况进行公布，投资者可凭此公告为准，也可通过证券商的行情系统自行查询，在确认自己的委托已成交后，可到证券营业部的交割柜台办理交割，打印交割单。交割单的内容包括成交的证券名称、成交数量、成交时间、成交价格以及投资者成交前的资金余额、成交后资金余额和成交的清算金额等等。投资者应妥善保管交割单，以备查询使用。
